Preskočiť na obsah

AutoDock GPU

Popis

AutoDock-GPU Suite je rastúca zbierka metód pre výpočtové dokovanie a virtuálny skríning, určená na objav liekov na základe štruktúry a na preskúmanie základných mechanizmov štruktúry a funkcie biomolekúl. Zdrojový kód je dostupný na GitHub stránke.

Spúštanie

AutoDock GPU dporúčame spúšťať vo svojom kontajneri pomocou nástroja Singularity."

Oficiálna dokumentácia

Dokumentáciu a návod pre používateľa nájdete na oficiálnej webovej stránke a pre spúšťanie v Singularity v katalógu NVIDIA NGC.

Dostupné verzie

Aktuálne sú dostupné nasledujúce verzie AutoDock GPU:

  • Spúšťacie závislosti:
    • singularity/ce-3.11.0

AutoDock GPU je dostupný ako kontajner; na zostavenie alebo spustenie aplikácií použite singularity. Najprv načítajte modul singularity pomocou nasledujúceho príkazu:

module load singularity/ce-3.11.0

Príklad spúšťacieho skriptu

Tento skript si môžete skopírovať a upraviť ako autodock_singularity.sh a odoslať úlohu na GPU uzol príkazom sbatch autodock_singularity.sh. Hodnoty pre počet GPU, ntasks a počet CPU na task boli otestované a optimalizované pre najlepší výkon na klastri Devana.

#!/bin/bash
#SBATCH -J "AD_GPU"             # name of job in SLURM
#SBATCH --account=p70-23-t      # project number
#SBATCH --partition=gpu         # selected partition
#SBATCH --gres=gpu:1            # runs on one gpu
#SBATCH --ntasks=1              # number of parallel tasks
#SBATCH --cpus-per-task=8       # number of cpus per task
#SBATCH --time=01:00:00         # time limit for a job
#SBATCH -o stdout.%J.out        # standard output
#SBATCH -e stderr.%J.out        # error output

# Modules
module load singularity/ce-3.11.0

# Shortcuts
Container_loc=/storage-apps/software/containers/autodock
Script_loc=$HOME

# Execute AD_GPU_sing.sh script within the container
singularity exec --nv $Container_loc/autodock_gpu_zinc_latest.sif "$Script_loc/AD_GPU_sing.sh"

Druhý skript, spustený vnútri kontajnera, prechádza požadovaný adresár v slučke a dá sa upraviť tak, aby špecifikoval cieľové molekuly alebo prechádzal zoznam ligandov (pozrite stránku AutoDock Vina).

#!/bin/bash

# Shortcuts
Ligands_location=$HOME/ligands
Proteins_location=$HOME/proteins
Outputs=$HOME/results

# Loop over compounds
Ligands=$(ls "$Ligands_location"/*.pdbqt)

for ligand in $Ligands; do
        #   autodock_gpu_128wi -lfile $ligand -ffile $Proteins_location/6WQF_clean.maps.fld -nrun 50 -resnam $Outputs/$ligand.dlg
        autodock_gpu_128wi -lfile $ligand -ffile $Proteins_location/6WQF_clean.maps.fld -nrun 50
done
Created by: Marek Štekláč