Preskočiť na obsah

SIESTA

Popis

SIESTA je kód teórie funkcionálu hustoty (DFT) určený na efektívne výpočty elektronickej štruktúry a ab initio molekulárnu dynamiku veľkých systémov. Používa lokalizované bázy a je vhodný pre simulácie materiálov a zhlukenej hmoty.

Oficiálna dokumentácia

Dostupné verzie

V súčasnosti sú dostupné tieto verzie SIESTA:

  • Závislosti pri behu:
    • Žiadne, potrebné knižnice a závislosti sa načítajú automaticky s modulom Siesta/5.4.1-foss-2024a.

Modul SIESTA môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load Siesta/5.4.1-foss-2024a

Príklad spúšťacieho skriptu

Tento skript si môžete skopírovať a upraviť ako siesta_run.sh a odoslať pomocou sbatch siesta_run.sh:


#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=                     # Name of the job
#SBATCH --account=                      # Project account number
#SBATCH --partition=                    # Partition name (short, medium, long)
#SBATCH --nodes=                        # Number of nodes
#SBATCH --ntasks=                       # Total number of MPI ranks
#SBATCH --cpus-per-task=                # Number of threads per MPI rank
#SBATCH --time=hh:mm:ss                 # Time limit (hh:mm:ss)
#SBATCH --output=stdout.%j.out          # Standard output (%j = Job ID)
#SBATCH --error=stderr.%j.err           # Standard error
#SBATCH --mail-type=END,FAIL            # Notifications for job done or failed
#SBATCH --mail-user=                    # Email address for notifications

# === Metadata functions ===
log_job_start() {
    echo "================== SLURM JOB METADATA =================="
    printf " Job ID        : %s\n" "$SLURM_JOB_ID"
    printf " Job Name      : %s\n" "$SLURM_JOB_NAME"
    printf " Partition     : %s\n" "$SLURM_JOB_PARTITION"
    printf " Nodes         : %s\n" "$SLURM_JOB_NUM_NODES"
    printf " Tasks (MPI)   : %s\n" "$SLURM_NTASKS"
    printf " CPUs per Task : %s\n" "$SLURM_CPUS_PER_TASK"
    printf " Account       : %s\n" "$SLURM_JOB_ACCOUNT"
    printf " Submit Dir    : %s\n" "$SLURM_SUBMIT_DIR"
    printf " Work Dir      : %s\n" "$PWD"
    printf " Start Time    : %s\n" "$(date)"
    echo "========================================================"
}

log_job_end() {
    printf " End Time      : %s\n" "$(date)"
    echo "========================================================"
}

# === Load required modules ===
module purge
module load Siesta/5.4.1-foss-2024a

# === Set working directories ===
# Use shared filesystems for cross-node calculations
INIT_DIR="${SLURM_SUBMIT_DIR}"
WORK_DIR="/work/${SLURM_JOB_ID}"
mkdir -p "$WORK_DIR"

# === Input/output file declarations ===
INPUT_FILE="input.fdf"
OUTPUT_FILE="siesta.out"

# === Copy input files to scratch ===
cp "$INIT_DIR/$INPUT_FILE" "$WORK_DIR"

# === Change to working directory ===
cd "$WORK_DIR" || { echo "Failed to cd into $WORK_DIR"; exit 1; }

log_job_start >> "$INIT_DIR/jobinfo.$SLURM_JOB_ID.log"

# === Set OpenMP threads ===
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# === Run SIESTA ===
mpiexec -np ${SLURM_NTASKS} siesta < "$INPUT_FILE" > "$OUTPUT_FILE"

# === Copy results back ===
cp "$OUTPUT_FILE" "$INIT_DIR"

# === Optional: clean up scratch ===
# rm -rf "$WORK_DIR"

log_job_end >> "$INIT_DIR/jobinfo.$SLURM_JOB_ID.log"
Created by: Marek Štekláč, Marek Štekláč