Preskočiť na obsah

VASP na Perun

Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP) je k dispozícii používateľom s platnou licenčnou zmluvou. Cluster Perun aktuálne podporuje len jednu licenčnú skupinu VASP:

  • vasp6: Pre používateľov s licenčnou zmluvou VASP 6.

Žiadosť o prístup

Ak máte platnú licenčnú zmluvu VASP verzie 6, kontaktujte prosím HPC support tím e-mailom alebo iným kanálom s uvedením vašej licenčnej zmluvy. Budete pridaní do primeranej Unix grupy (vasp6) podľa vašej licenčnej zmluvy.

Dostupné verzie

Aktuálne sú pre použitie v systéme Perun dostupné tieto verzie VASP:

  • 6.5.1-foss-2024a

Načítanie VASP

Ak ste boli pridaní do primeranej grupy, môžete modul VASP načítať nasledujúcim príkazom:

module load VASP/6.5.1-foss-2024a

Ak narazíte na akýkoľvek problém alebo potrebujete ďalšiu pomoc, obráťte sa prosím na HPC support tím.

Checkpointing

Softvérový balík VASP (až po verziu 6.5.1) nemá dobrú podporu pre checkpointing. Ak chcete spustiť dlhú úlohu, odporúčame nasledujúci postup:

  1. Spustite VASP na kratší čas (napr. 1 hodinu) a skontrolujte, či sa úloha vykonáva správne.
  2. Ak sa úloha vykonáva správne, môžete odoslať novú úlohu s tými istými vstupnými súborami a zvýšiť walltime.
  3. Spustite VASP ako proces na pozadí (background) a pred koncom úlohy ho ukončite šetrným spôsobom, napr.:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=vasp_checkpoint
#SBATCH --account=<project_id>
#SBATCH --partition=cpu_long
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=320
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --time=24:00:00

mpirun vasp_std &      # Ampersand puts the process in the background
PID=$!  # Get the process ID of the last background command

sleep 23h  # Sleep for 23 hours

echo "Terminating VASP job gracefully"
# LSTOP stops the job at the next ionic step;
# LABORT stops it at the next electronic step.
cat > STOPCAR <<EOF
LSTOP = .TRUE.
LABORT = .TRUE.
EOF

# Wait for the VASP process to finish
wait $PID

echo "VASP job terminated gracefully"
Created by: Marek Štekláč