Softvér na Perune¶
Perun ponúka starostlivo vybranú zbierku predinštalovaného vedeckého softvéru, knižníc a vývojových nástrojov pre výpočtovo náročné úlohy. Táto stránka popisuje, ako získavať prístup k dostupnému softvéru, spravovať prostredia a žiadať o ďalšie aplikácie.
Použitie softvérových modulov¶
Softvér na Perune sa spravuje cez systém Environment Modules, ktorý umožňuje používateľom dynamicky konfigurovať svoje prostredie bez zmeny systémových nastavení.
Základné príkazy¶
Zoznam dostupných modulov:
module avail
Načítanie modulu:
module load <module_name>
Zoznam aktuálne načítaných modulov:
module list
Vybavenie modulu:
module unload <module_name>
Vynulovanie prostredia:
module purge
Tip
Použite module spider <software_name> na hľadanie dostupných verzií
a hierarchií modulov.
Pre viac detailov pozrite návod Environment Modules.
Dostupný softvér¶
Perun ponúka softvér v mnohých oblastiach vrátane:
- Výpočtová chémia a vedecké štúdium materiálov
- Bioinformatika a prírodné vedy
- Matematika a analýza dát
- Machine learning a AI
- Vývojové nástroje a kompilátory
Úplné zoznamy modulov: CPU uzly · GPU uzly.
Note
Použite module avail alebo module spider <software_name> na nájdenie
konkrétnych aplikácií a verzií.
Architektúrové softvérové stacky¶
Perun ponúka dva samostatné softvérové stacky určené pre rôzne hardvérové architektúry:
- CPU stack (x86_64) – pre štandardné výpočtové uzly
- GPU stack (ARM64 / NVIDIA Grace Hopper) – pre uzly s GPU
Tieto stacky sú navzájom nekompatibilné a nedajú sa miešať.
Spúšťanie na inej architektúre
Softvér skompilovaný pre jednu architektúru nepobeží na druhej. CPU moduly sa nedajú použiť na GPU uzloch a GPU moduly na CPU uzloch.
Správanie prihlasovacích uzlov¶
Prihlasovacie uzly sú len CPU (x86_64):
- Hardvér GPU nie je dostupný
- GPU aplikácie sa nedajú spustiť
- Predvolene je aktívny len CPU softvérový stack
Prístup k GPU softvérovému stacku¶
Pre skúmanie dostupného GPU softvéru z prihlasovacieho uzla prepnite viditeľný stack:
ssx set_gpu
Tento príkaz mení len zobrazenie modulov, nie základný hardvér.
Note
Prepínanie stacku neposkytuje prístup k GPU. Iba zviditeľní moduly skompilované pre GPU.
Spúšťanie GPU aplikácií¶
Pre spustenie alebo kompiláciu GPU softvéru musíte spustiť úlohu na GPU uzle:
srun --partition=gpu_short --export=ALL --nodes=1 --ntasks=72 --gres=gpu:1 --cpus-per-task=1 --time=12:00:00 --pty /bin/bash
Po vstúpení do GPU alokácie:
- Načítajte GPU špecifické moduly
- Kompilujte alebo spúšťajte GPU aplikácie bežným spôsobom
Kľúčové pravidlá¶
- CPU stack → iba na CPU uzloch
- GPU stack → iba na GPU uzloch
- Prihlasovacie uzly → len CPU stack (bez spúšťania GPU)
- Používajte
ssx set_gpulen na skúmanie GPU modulov z prihlasovacieho uzla
Nedodržanie týchto pravidiel spôsobí chyby počas behu alebo neplatné binárne súbory.
Žiadosť o nový softvér¶
Pred žiadosťou o nový softvér overte jeho dostupnosť:
module avail
Ak softvér nie je k dispozícii, odošlite požiadavku cez Helpdesk.
Uveďte nasledujúce informácie:
- Názov softvéru
- Oficiálny web alebo zdroj
- Typ softvéru (open-source alebo komerčný)
- Vyžadovaná verzia
- Závislosti (ak sú relevantné)
- Návod na inštaláciu
- Postup validácie alebo testu
- Detaily licencie (ak sa aplikuje)
- Preferovaný toolchain (napr.
foss/2025b,intel/2025a) - Obmedzenia prístupu (ak sú vyžadované)
Warning
Licencovaný softvér vyžaduje platnú autorizáciu pred inštaláciou.
Odporúčania¶
- Radšej používajte moduly než manuálnu konfiguráciu prostredia
- Načítavajte explicitné verzie, keď je vyžadovaná reprodukovateľnosť
-
Používajte izolované prostredia:
-
Používajte kontajnery pre prenosnosť:
Riešenie problémov¶
Ak sa vyskytnú problémy:
- Overte závislosti modulov
- Skontrolujte dokumentáciu aplikácie (
--help,man) - Validujte workflow na malých testovacích úlohách
Inštalačné cesty
Neinštalujte softvér do systémových ciest. Používajte používateľské prostredia alebo požiadajte o inštaláciu cez support.