Shell prostredia

Linuxové systémy podporujú viaceré shell prostredia, ktoré poskytujú príkazové rozhranie (command-line interface) používané na interakciu so systémom. Jednotlivé shelly ponúkajú rozdielnu syntax, možnosti skriptovania a funkcie pre používateľov.

Dostupné shell prostredia

Na HPC clusteroch SAS sú dostupné nasledujúce shell prostredia.

DevanaPerun

Sú dostupné nasledujúce shell prostredia:

• bash
• tcsh
• csh

Sú dostupné nasledujúce shell prostredia:

• bash
• csh

Predvolený shell

Bash je predvolený shell pre všetky používateľské účty. Ak potrebujete zmeniť svoj predvolený shell, kontaktujte podporný tím administrácie.

---

Prispôsobenie shell prostredia

Po prihlásení si môžu používatelia prispôsobiť svoje shell prostredie úpravou konfiguračných súborov umiestnených v ich domovskom adresári.

Pre Bash je najčastejšie používaným konfiguračným súborom:

~/.bashrc

Tento súbor sa načíta pri spustení novej interaktívnej Bash relácie. Bežne sa používa na nastavenie:

• premenných prostredia
• aliasov príkazov
• funkcií shellu
• načítania modulov
• úpravy premennej PATH

Upraviteľný súbor ~/.bashrc

# ~/.bashrc: executed by bash(1) for non-login shells.
# see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files (in the package bash-doc)
# for examples
# If not running interactively, don't do anything
case $- in
   *i*) ;;
      *) return;;
esac
# don't put duplicate lines or lines starting with space in the history.
# See bash(1) for more options
HISTCONTROL=ignoreboth

# append to the history file, don't overwrite it
shopt -s histappend

# for setting history length see HISTSIZE and HISTFILESIZE in bash(1)
HISTSIZE=1000
HISTFILESIZE=2000

# check the window size after each command and, if necessary,
# update the values of LINES and COLUMNS.
shopt -s checkwinsize

# If set, the pattern "**" used in a pathname expansion context will
# match all files and zero or more directories and subdirectories.
#shopt -s globstar

# make less more friendly for non-text input files, see lesspipe(1)
#[ -x /usr/bin/lesspipe ] && eval "$(SHELL=/bin/sh lesspipe)"

# set variable identifying the chroot you work in (used in the prompt below)
if [ -z "${debian_chroot:-}" ] && [ -r /etc/debian_chroot ]; then
    debian_chroot=$(cat /etc/debian_chroot)
fi

# set a fancy prompt (non-color, unless we know we "want" color)
case "$TERM" in
    xterm-color|*-256color) color_prompt=yes;;
esac

# uncomment for a colored prompt, if the terminal has the capability; turned
# off by default to not distract the user: the focus in a terminal window
# should be on the output of commands, not on the prompt
#force_color_prompt=yes

if [ -n "$force_color_prompt" ]; then
    if [ -x /usr/bin/tput ] && tput setaf 1 >&/dev/null; then
        # We have color support; assume it's compliant with Ecma-48
        # (ISO/IEC-6429). Lack of such support is extremely rare, and such
        # a case would tend to support setf rather than setaf.
        color_prompt=yes
    else
        color_prompt=
    fi
fi

if [ "$color_prompt" = yes ]; then
    PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\[\033[01;32m\]\u@\h\[\033[00m\]:\[\033[01;34m\]\w\[\033[00m\]\$ '
else
    PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
fi
unset color_prompt force_color_prompt

# If this is an xterm set the title to user@host:dir
case "$TERM" in
xterm*|rxvt*)
    PS1="\[\e]0;${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h: \w\a\]$PS1"
    ;;
*)
    ;;
esac

# enable color support of ls and also add handy aliases
if [ -x /usr/bin/dircolors ]; then
    test -r ~/.dircolors && eval "$(dircolors -b ~/.dircolors)" || eval "$(dircolors -b)"
    alias ls='ls --color=auto'
    alias dir='dir --color=auto'
    alias vdir='vdir --color=auto'

    alias grep='grep --color=auto'
    alias fgrep='fgrep --color=auto'
    alias egrep='egrep --color=auto'
fi

# colored GCC warnings and errors
#export GCC_COLORS='error=01;31:warning=01;35:note=01;36:caret=01;32:locus=01:quote=01'

# some more ls aliases
#alias ll='ls -l'
#alias la='ls -A'
#alias l='ls -CF'

# Alias definitions.
# You may want to put all your additions into a separate file like
# ~/.bash_aliases, instead of adding them here directly.
# See /usr/share/doc/bash/examples/startup-files (in the bash-doc)
# in the package bash-doc.

if [ -f ~/.bash_aliases ]; then
    . ~/.bash_aliases
fi

# enable programmable completion features (you don't need to enable
# this, if it's already enabled in /etc/bash.bashrc and /etc/profile
# sources /etc/bash.bashrc).
if ! shopt -oq posix; then
   if [ -f /usr/share/bash-completion/bash_completion ]; then
      . /usr/share/bash-completion/bash_completion
   elif [ -f /etc/bash_completion ]; then
      . /etc/bash_completion
   fi
fi

# Aliases

Neinteraktívne relácie

Nespúšťajte príkazy, ktoré zapisujú do štandardného výstupu (napr. \(echo\), \(module list\) a pod.), v súbore \(.bashrc\), pretože výstup počas neinteraktívnych SSH relácií môže narušiť prenos súborov (SCP/SFTP) pre váš účet. Vykonávanie takýchto príkazov podmieňte kontrolou interaktivity, ako je uvedené v príklade vyššie ($case \(- in *i*) ;; *) return;; esac\)).

Modulové prostredie

Aplikácie na clusteroch sa spravujú pomocou Lmod modulového systému. Moduly umožňujú používateľom dynamicky konfigurovať svoje shell prostredie pre konkrétne softvérové balíky.

Moduly automaticky nastavujú:

• cesty k spustiteľným súborom
• cesty ku knižniciam
• potrebné premenné prostredia
• závislé softvérové moduly

Softvér na oboch clusteroch sa zostavuje pomocou EasyBuild. Dostupné moduly pre jednotlivé clustre si môžete prezrieť v nasledujúcej dokumentácii:

• Dostupné moduly Devana
• Moduly Perun CPU uzlov
• Moduly Perun GPU uzlov

Dostupné skupiny modulov

Moduly sú rozdelené do nasledujúcich logických kategórií:

bio: Bioinformatics, biology, and biomedical
cae: Computer Aided Engineering software
chem: Chemistry, computational chemistry and quantum chemistry software
compiler: Compilers
data: Data management and processing tools
devel: Development tools
geo: Earth sciences
lang: Languages and programming tools
lib: General purpose libraries
math: High-level mathematical software
mpi: MPI stacks
numlib: Numerical libraries
perf: Performance tools
phys: Physics simulation software
system: System utilities
toolchain: EasyBuild toolchains
tools: General purpose tools
vis: Visualization, plotting, documentation and typesetting software

Konfigurácia prostredia

Po načítaní modulu sa automaticky nakonfigurujú potrebné premenné prostredia a cesty ku knižniciam potrebné na spustenie aplikácie.

Ďalšie informácie o používaní modulov nájdete v návode Lmod moduly.

Created by: Marek Štekláč, Marek Štekláč