Preskočiť na obsah

Q-Chem

Popis

Q-Chem je ab initio softvérový balík pre kvantovú chémiu na rýchle a presné simulácie molekulárnych systémov vrátane elektronickej štruktúry, molekulárnej reaktivity a molekulárnych vlastností.

Používateľská príručka

Dokumentáciu softvéru a používateľskú príručku nájdete tu.

Verzie

V súčasnosti sú dostupné nasledujúce verzie balíka Q-Chem:

  • Závislosti pri behu:
    • Žiadne, potrebné knižnice a závislosti sa načítajú automaticky s modulom qchem/6.1.

Modul Q-Chem môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load qchem/6.1

Príklad spúšťacieho skriptu

Note

V prípade paralelnej exekúcie si v manuáli overte, ktorá kombinácia MPI a OPENMP je dostupná pre vybranú metódu.

Tento skript si môžete skopírovať a upraviť ako qchem_run.sh a úlohu odoslať na výpočtový uzol pomocou príkazu sbatch qchem_run.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -J "qchem_job"    # name of job in SLURM
#SBATCH --partition=long # selected partition, short, medium or long (72 h walltime requires long)
#SBATCH --nodes=1        # number of used nodes
#SBATCH --ntasks=1      # number of mpi tasks (parallel run)
#SBATCH --cpus-per-task=16 # number of threads per mpi tasks
#SBATCH --time=72:00:00  # time limit for a job
#SBATCH -o stdout.%J.out # standard output
#SBATCH -e stderr.%J.out # error output
##SBATCH --exclusive      # exclusive run on node

module load qchem/6.1
QCSCRATCH=/scratch/$SLURM_JOB_ACCOUNT/$SLURM_JOB_ID

mkdir -p $QCSCRATCH

qchem -nt $SLURM_CPUS_PER_TASK TEST.inp TEST.out # OPENMP version
#qchem -mpi -np $SLURM_NTASKS -nt $SLURM_CPUS_PER_TASK TEST.inp TEST.out # MPI + OPENMP version
Created by: Marek Štekláč, Marek Štekláč