Preskočiť na obsah

Molpro

Popis

Molpro je komplexný systém ab initio programov pre pokročilé výpočty elektrónovej štruktúry molekúl, navrhnutý a udržiavaný H.-J. Wernerom a P. J. Knowlesom, a obsahuje príspevky mnohých ďalších autorov. Zahŕňa efektívne a dobre paralelizované programy pre štandardné aplikácie výpočtovej chémie, ako je DFT s rozsiahlym výberom funkcionálov, ako aj špičkové pokročilé coupled-cluster a multi-reference metódy vlnových funkcií. Elektrónovo vzbudené stavy možno liečiť pomocou metód MCSCF/CASSCF, CASPT2, MRCI alebo FCI, alebo pomocou response metód ako TDDFT, CC2 a EOM-CCSD. Existuje mnoho modulov na výpočet molekulárnych vlastností, optimalizáciu geometrie, výpočet harmonických a anharmonických vibračných frekvencií a ďalšiu analýzu vlnových funkcií. Analytické gradienty energie sú dostupné pre DFT, HF, MP2, MP2-F12, CCSD, CCSD-F12, DCSD, QCISD, QCISD(T), CASSCF a CASPT2. Approximácie Density fitting (DF alebo RI) môžu zrýchliť DFT a MP2 výpočty s veľkými bázickými sadami o viaceré rády a explicitne korelované metódy [MP2-F12, CCSD(T)-F12, CASPT2-F12, MRCI-F12] minimalizujú chyby neúplnosti bázickej sady a poskytujú výsledky blízke kvalite CBS s triple-zeta bázickými sadami. Spolu s lokálnymi aproximáciami a efektívnou paralelizáciou sa pokročilé metódy [PNO-LMP2-F12, PNO-LCCSD(T)-F12] dajú aplikovať na veľké molekuly chemického záujmu, pričom dosahujú bezprecedentnú presnosť (pre nedávny prehľad pozrite WIREs Comput Mol Sci. 2018, e1371). Navyše, embedovanie WF-in-DFT alebo QM/MM metódy možno použiť na rozšírenie aplikovateľnosti ab initio metód na veľké systémy chemického alebo biochemického záujmu.

Oficiálna dokumentácia

Dokumentáciu a návod pre používateľa nájdete tu.

Dostupné verzie

Aktuálne sú dostupné nasledujúce verzie balíka Molpro:

  • Spúšťacie závislosti:
    • Žiadne, požadované knižnice a závislosti sa načítajú automaticky spolu s modulom molpro/2023.2.0.

Modul molpro môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu:

module load molpro/2023.2.0

Príklad spúšťacieho skriptu

Paralelizácia metód

Pri paralelnom výpočte si prosím overte v manuáli, ktorá kombinácia MPI a OpenMP je dostupná pre metódu, ktorú ste zvolili.

Tento skript si môžete skopírovať, upraviť, uložiť ako molpro_run.sh a odoslať úlohu na výpočtový uzol príkazom sbatch molpro_run.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=short
#SBATCH --account=<project> # project number
#SBATCH --job-name=molpro
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --output=res.txt
#SBATCH --error=err.txt
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --mem=132000

module load molpro/2023.2.0
ulimit -s unlimited

molpro -n $SLURM_NTASKS h2o.inp -d /work/$SLURM_JOB_ID/
Created by: Marek Štekláč