Preskočiť na obsah

Gaussian

Gaussian je softvérový balík pre kvantovú chémiu na modelovanie elektrónovej štruktúry. Poskytuje širokú paletu ab-initio, semi-empirických a metód hustotných funkcionálov pre molekulárne systémy.

Oficiálna dokumentácia

Dokumentáciu a návod pre používateľov nájdete na oficiálnej webovej stránke Guassian.

Dostupné verzie

Aktuálne sú dostupné nasledujúce verzie Gaussian:

  • Spúšťacie závislosti:
    • Žiadne, požadované knižnice a závislosti sa načítajú automaticky spolu s modulom gaussian/16.

Modul gaussian môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load gaussian/16

Prístup a licencovanie

Gaussian 16 je komerčný softvér. Z dôvodu licenčných obmedzení môžu G16 na našich systémoch prístupovať a spúšťať len autorizovaní používatelia, ktorí sú uvedení v inštitucionálnej licenčnej zmluve Gaussian.

  • Prístup k modulu Gaussian 16 je obmedzený na licencovaných používateľov.
  • Na žiadosť o prístup sa prosím obráťte na HPC support tím a poskytnite informácie o vašom projekte a potvrdenie licencie.

Pokusy o spustenie Gaussian 16 bez platnej licencie sú prísne zakázané.

Príklad spúšťacieho skriptu

Tento skript si môžete skopírovať a upraviť na gaussian_run.sh a odoslať úlohu na výpočtový uzol príkazom sbatch gaussian_run.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=g16-test
#SBATCH --partition=short
#SBATCH --account=<project-account>
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --mem=16G
#SBATCH --time=02:00:00

module load gaussian/16

export GAUSS_SCRDIR=/scratch/myproject/gaussian16/$USER/$SLURM_JOBID
mkdir -p "$GAUSS_SCRDIR"

g16 my_input.com > my_output.log

rm -rf "$GAUSS_SCRDIR"

Scratch adresár (GAUSS_SCRDIR)

Gaussian 16 vyžaduje lokálny scratch adresár na ukladanie dočasných súborov počas výpočtu. Vo vašom skripte úlohy musíte definovať premennú prostredia GAUSS_SCRDIR.

Výrazne odporúčame použiť váš projektovo špecifický scratch priestor, napr.:

export GAUSS_SCRDIR=/scratch/<project-dir>/gaussian16/$USER/$SLURM_JOBID
mkdir -p "$GAUSS_SCRDIR"

Tieto riadky pridajte do vášho odosielacieho skriptu úlohy pred spustením Gaussian 16.

Adresár by mal byť:

  • Lokálny alebo umiesnený na vysokovýkonnom zdielanom súborovom systéme (nie NFS-mounted),
  • Jedinečný pre každú úlohu (použite $SLURM_JOBID),
  • Vyčistený na konci úlohy, aby sa ušetril priestor.

Na konci vášho skriptu môžete bezpečne odstrániť scratch údaje:

rm -rf "$GAUSS_SCRDIR"

Obmedzenia zdrojov (ulimit)

Podľa oficiálnej dokumentácie Gaussian 16 sa odporúča aplikovať hard obmedzenia zdrojov pre shell prostredie. Slúži to na to, aby Gaussian nekonzumoval nadmernú pamäť alebo diskový priestor a nezpôsoboval nestabilnosť výpočtových uzlov.

Odporúčané obmedzenia môžete vo vašom skripte úlohy vynútiť nasledovne:

ulimit -c 0       # Disable core dumps
ulimit -d hard
ulimit -f hard
ulimit -l hard
ulimit -m hard
ulimit -n hard
ulimit -s hard
ulimit -t hard
ulimit -u hard

Tieto nastavenia obmedzujú vnútorné používanie zdrojov Gaussian v súlade s odporúčaniami výrobcu.

Created by: Marek Štekláč, Marek Štekláč