Preskočiť na obsah

PLUMED na Devane

PLUMED je knižnica s otvoreným zdrojovým kódom na zintenzívnené vzorkovanie a analýzu molekulárnych simulácií. Bežne sa používa spolu s motormi molekulárnej dynamiky, ako je GROMACS, na vykonávanie technik ako je metadynamika, umbrella sampling a výpočet voľnej energie.

Používateľská príručka

Dostupné verzie

V súčasnosti sú dostupné tieto verzie PLUMED:

  • Závislosti pri behu:
    • Žiadne, potrebné knižnice a závislosti sa načítajú automaticky s modulom PLUMED/2.7.3-foss-2021b.

Modul PLUMED môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load PLUMED/2.7.3-foss-2021b

  • Závislosti pri behu:
    • Žiadne, potrebné knižnice a závislosti sa načítajú automaticky s modulom PLUMED/2.8.1-foss-2022a.

Modul PLUMED môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load PLUMED/2.8.1-foss-2022a

  • Závislosti pri behu:
    • Žiadne, potrebné knižnice a závislosti sa načítajú automaticky s modulom PLUMED/2.9.0-foss-2022b.

Modul PLUMED môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load PLUMED/2.9.0-foss-2022b

  • Závislosti pri behu:
    • Žiadne, potrebné knižnice a závislosti sa načítajú automaticky s modulom PLUMED/2.9.0-foss-2023a.

Modul PLUMED môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load PLUMED/2.9.0-foss-2023a

  • Závislosti pri behu:
    • Žiadne, potrebné knižnice a závislosti sa načítajú automaticky s modulom PLUMED/2.9.2-foss-2023b.

Modul PLUMED môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load PLUMED/2.9.2-foss-2023b

  • Závislosti pri behu:
    • Žiadne, potrebné knižnice a závislosti sa načítajú automaticky s modulom PLUMED/2.9.3-foss-2024a.

Modul PLUMED môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load PLUMED/2.9.3-foss-2024a

GROMACS

PLUMED je plugin knižnica a bežne sa používa spolu s GROMACS. Pri spúšťaní simulácií si uistite, že máte načítaný kompatibilný modul GROMACS.

Použitie s GROMACS

PLUMED sa používa tak, že počas simulácie sa do GROMACS prehodí vstupný súbor plumed.dat.

Príklad spúšťacieho príkazu

mpiexec -np ${SLURM_NTASKS} gmx_mpi mdrun -s topol.tpr -plumed plumed.dat

Príklad spúšťacieho skriptu (CPU)


#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=                     # Name of the job
#SBATCH --account=                      # Project account number
#SBATCH --partition=                    # Partition name (short, medium, long)
#SBATCH --nodes=                        # Number of nodes
#SBATCH --ntasks=                       # Total number of MPI ranks
#SBATCH --cpus-per-task=                # Number of threads per MPI rank
#SBATCH --time=hh:mm:ss                 # Time limit (hh:mm:ss)
#SBATCH --output=stdout.%j.out          # Standard output (%j = Job ID)
#SBATCH --error=stderr.%j.err           # Standard error
#SBATCH --mail-type=END,FAIL            # Notifications for job done or failed
#SBATCH --mail-user=                    # Email address for notifications

# === Metadata functions ===
log_job_start() {
    echo "================== SLURM JOB METADATA =================="
    printf " Job ID        : %s\n" "$SLURM_JOB_ID"
    printf " Job Name      : %s\n" "$SLURM_JOB_NAME"
    printf " Partition     : %s\n" "$SLURM_JOB_PARTITION"
    printf " Nodes         : %s\n" "$SLURM_JOB_NUM_NODES"
    printf " Tasks (MPI)   : %s\n" "$SLURM_NTASKS"
    printf " CPUs per Task : %s\n" "$SLURM_CPUS_PER_TASK"
    printf " Account       : %s\n" "$SLURM_JOB_ACCOUNT"
    printf " Submit Dir    : %s\n" "$SLURM_SUBMIT_DIR"
    printf " Work Dir      : %s\n" "$PWD"
    printf " Start Time    : %s\n" "$(date)"
    echo "========================================================"
}

log_job_end() {
    printf " End Time      : %s\n" "$(date)"
    echo "========================================================"
}

# === Load required modules ===
module purge
module load GROMACS/2024.4-foss-2023b-CUDA-12.4.0
module load PLUMED/2.9.2-foss-2023b

# === Set working directories ===
# Use a shared filesystem for cross-node calculations
INIT_DIR="${SLURM_SUBMIT_DIR}"
WORK_DIR="/scratch/${SLURM_JOB_ACCOUNT}/${SLURM_JOB_ID}"
mkdir -p "$WORK_DIR"

# === Input/output file declarations ===
INPUT_FILES=""
OUTPUT_FILES=""

# === Copy input files to scratch ===
cp $INPUT_FILES "$WORK_DIR"

# === Change to working directory ===
cd "$WORK_DIR" || { echo "Failed to cd into $WORK_DIR"; exit 1; }

log_job_start >> "$INIT_DIR/jobinfo.$SLURM_JOB_ID.log"

# === Run GROMACS with PLUMED ===
mpiexec -np ${SLURM_NTASKS} gmx_mpi mdrun -s topol.tpr -plumed plumed.dat -ntomp ${SLURM_CPUS_PER_TASK}

# === Copy output files back ===
cp $OUTPUT_FILES "$INIT_DIR"

# === Optional: clean up scratch ===
# rm -rf "$WORK_DIR"

log_job_end >> "$INIT_DIR/jobinfo.$SLURM_JOB_ID.log"
Created by: Marek Štekláč, Marek Štekláč