Preskočiť na obsah

VASP na Devane

The Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP) je dostupný používateľom s platnými licenciami. Na klustri Devana podporujeme dve skupiny používateľov s licenciami VASP:

  • vasp5: Pre používateľov s licenciou VASP 5.
  • vasp6: Pre používateľov s licenciou VASP 6.

Požiadavka o prístup

Ak máte platnú licenciu VASP (verzia 5 alebo 6), kontaktujte HPC podporu prostredníctvom e-mailu a uveďte verziu svojej licencie. Budete pridaní do príslušnej Unixovej skupiny (vasp5 alebo vasp6) na základe svojej licencie.

Dostupné verzie

Na Devane sú v súčasnosti k dispozícii nasledujúce verzie VASP:

  • 5.4.1-CPU
  • 5.4.4-CPU
  • 6.3.0-CPU
  • 6.3.0-GPU
  • 6.3.0-VaspSol-CPU
  • 6.5.1-intel2023b-MPI-CPU
  • 6.5.1-intel2023b-OMPMPI-CPU

Načítanie VASP

Ak ste boli pridaní do príslušnej skupiny, môžete načítať požadovanú verziu VASP pomocou nasledujúceho príkazu:

module load vasp/<version>

Napríklad na načítanie VASP 6.3.0 pre CPU použite:

module load vasp/6.3.0-CPU

Ak narazíte na akékoľvek problémy alebo potrebujete ďalšiu pomoc, kontaktujte HPC podporu.

Checkpointing

VASP (až do verzie 6.5.1) nemá dobrú podporu pre checkpointing. Ak chcete spustiť dlhú úlohu, odporúčame nasledujúci postup:

  1. Spustite VASP na krátky čas (napr. 1 hodinu) a overte, či sa úloha vykonáva správne.
  2. Ak sa úloha vykonáva správne, môžete odoslať novú úlohu s rovnakými vstupnými súbormi a zvýšiť walltime.
  3. Spustite VASP na pozadí a pred koncom úlohy ho jemne ukončite, napríklad:
#SBATCH -J vasp_job            # name of the job
#SBATCH --account=<project>    # project number
#SBATCH --partition=           # selected partition (short, medium, long)
#SBATCH --nodes=1              # number of nodes
#SBATCH --ntasks=1             # number of MPI ranks
#SBATCH --cpus-per-task=8      # number of OMP threads
#SBATCH -o stdout.%J.out       # standard output
#SBATCH --time=24:00:00

mpirun -np <number of ranks> vasp_std &   # Ampersand puts the process in the background
PID=$!  # Get the process ID of the last background command

sleep 23h  # Sleep for 23 hours

echo "Terminating VASP job gracefully"
cat > STOPCAR <<EOF
LSTOP = .TRUE.   # stop at next ionic step
# LABORT = .TRUE.   # stop at next electronic step
EOF

# Wait for the VASP process to finish
wait $PID

echo "VASP job terminated gracefully"
Created by: Marek Štekláč