Preskočiť na obsah

MATLAB

Popis

MATLAB je výpočtová platforma, ktorá sa používa pre inžinierske a vedecké aplikácie ako analýza dát, spracovanie signálov a obrazov, regulačné systémy, bezdrôtové komunikácie a robotika. MATLAB obsahuje programovací jazyk, interaktívne aplikácie, vysoko špecializované knižnice pre inžinierske aplikácie a nástroje na automatické generovanie embedded kódu. MATLAB je aj základom pre Simulink, block diagram prostredie na simuláciu zložitých viacdoménových systémov.

Oficiálna dokumentácia

Viac informácií o MPS nájdete tu. Dokumentáciu a návod pre používateľa nájdete tu.

Dostupné verzie

Aktuálne sú dostupné nasledujúce verzie MATLAB:

  • Spúšťacie závislosti:
    • Žiadne, požadované knižnice a závislosti sa načítajú automaticky spolu s modulom matlab/R2024b.

Modul MATLAB môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load matlab/R2024b

  • Spúšťacie závislosti:
    • Žiadne, požadované knižnice a závislosti sa načítajú automaticky spolu s modulom matlab/R2025a.

Modul MATLAB môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load matlab/R2025a

  • Spúšťacie závislosti:
    • Žiadne, požadované knižnice a závislosti sa načítajú automaticky spolu s modulom matlab/R2025b.

Modul MATLAB môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu: 

module load matlab/R2025b

Príklad spúšťacieho skriptu

Ak máte MATLAB skript s názvom script.m, môžete si skopírovať a upraviť nasledujúci skript, uložiť ho ako matlab_run.sh a odoslať úlohu na výpočtový uzol príkazom sbatch matlab_run.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=short
#SBATCH --account=<project> # project number
#SBATCH --job-name=matlab
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --output=output.txt
#SBATCH --error=error.txt
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem=3750

module load matlab/R2024b
matlab -nodisplay -nosplash -nodesktop -r "run('script.m'); exit"

Odporúčané postupy pri používaní MATLAB

Výpočty MATLAB možno spúšťať rôznymi spôsobmi. Skript môžete spustiť z príkazového riadka. V prípade, že potrebujete interaktívne GUI, môžete ho spustiť cez platformu Open OnDemand. Výpočty môžete tiež spúšťať z vášho lokálneho MATLAB klienta pomocou MATLAB Parallel Server. V každom prípade je odporúčaný postup najprv doladiť váš skript na lokálnom počítači. Po optimalizácii skriptu potom využite zdroje superpočítača pomocou jednej z vyššie uvedených metód.

Open OnDemand aplikácia

Ak preferujete interaktívne GUI, môžete spustiť MATLAB aplikáciu cez platformu Open OnDemand. Nájdite ju v Interactive apps, vyplňte formulár a spustite.

MATLAB Parallel Server

Je možné odosielať úlohy do plánovača SLURM priamo zo vášho lokálneho MATLAB klienta pomocou MATLAB Parallel Server (MPS).

Vytvorenie Cluster Profilu a overenie inštalácie

  • Spustite Cluster Profile Manager. Na karte Home, v oblasti Environment, vyberte Parallel > Create and Manage Clusters.
  • Vytvorte nový profil v Cluster Profile Manager výberom Add Cluster Profile > Slurm
  • So zvoleným novým profilom v zozname kliknite na Rename a upravte názov profilu na Devana, potom potvrďte premenu.
  • Stiahnite Parallel Computing Toolbox plugin pre MATLAB Parallel Server so Slurm z https://github.com/mathworks/matlab-parallel-slurm-plugin. Môžete ho git clone, alebo stiahnuť ako ZIP archív a rozbaliť na požadované miesto.
  • Na karte Properties poskytnite nastavenia pre nasledujúce polia:
Vlastnosť Hodnota
Description Devana
JobStorageLocation C:\Temp\joblocation
NumWorkers inf
NumThreads 1
ClusterMatlabRoot /storage-apps/software/Matlab/R2024b/
RequiresOnlineLicensing false
HasSharedFilesystem false
PluginScriptsLocation C:\matlab-parallel-slurm-plugin-main

Upravte cesty v JobStorageLocation podľa vašich predstáv. Nastavte PluginScriptsLocation na cestu, kde ste rozbalili Parallel Computing Toolbox plugin.

  • Pridajte ďalšie vlastnosti do tabuľky AdditionalProperties:
Názov Hodnota Typ
AuthenticationMode IdentityFile String
ClusterHost login.devana.nscc.sk String
IdentityFile C:\Users\user\Documents\MobaXterm\home.ssh\id_rsa String
IdentityFileHasPassphrase false Logical
RemoteJobStorageLocation /home/username/matlab String
SSHPort 5522 Number
UseIdentityFile true Logical
Username username String
  • Kliknite na Done pre uloženie vášho cluster profilu.

Ak potrebujete viac detailov konfigurácie, kliknite tu.

Overenie Cluster Profilu

Špecifikujte počet workerov, ktoré sa majú použiť pri overovaní vášho profilu. Ak nepošpecifikujete počet workerov v karte Validation, overenie sa pokúsi použiť toľko workerov, ako je hodnota špecifikovaná vlastnosťou NumWorkers na karte Properties.

  • Ak ešte nie je otvorený, spustite Cluster Profile Manager z desktopu MATLAB. Na karte Home, v oblasti Environment, vyberte Parallel > Create and Manage Clusters.
  • Zvoľte váš cluster profil v zozname.
  • Kliknite na kartu Validation.
  • Pomocou zaškrtávacieho políčka vyberte všetko alebo podskupinu overovacích štádií a špecifikujte počet workerov, ktoré sa majú použiť pri overovaní vášho profilu.
  • Kliknite na Validate.

Po tom, čo klient dokončí overenie clusteru, karta Validation zobrazí výstup.

Created by: Marek Štekláč