Softvér na Devane¶

Devana poskytuje širokú paletu predinštalovaného vedeckého softvéru, knižníc a nástrojov na podporu úloh výkonného výpočtu (HPC). Táto stránka vysvetľuje, ako používať dostupný softvér, ako spravovať závislosti a ako žiadať o ďalšie aplikácie.

Aktualizácia softvérového stacku¶

Aby sa softvérové prostredie udržiavalo aktualizované, bezpečné a vysokovýkonné, bol softvérový stack Devana v 3. štvrťroku 2025 úplne prebudovaný. Toto prebudovanie zaručuje kompatibilitu s aktualizáciou systému vykonanou v 2. štvrťroku 2025 a zlepšuje výkon aplikácií počas spúšťania.

V rámci tejto aktualizácie bolo odstránených niekoľko zastaraných kompilátorov a knižníc s cieľom zjednodušiť údržbu a zvýšiť spoľahlivosť.

Kľúčové zmeny¶

Východzie moduly v /storage-apps/Modules boli odstránené
Východzie moduly v /storage-apps/intel-v.2023/oneapi/modulefiles boli odstránené
Podpora kompilátorov pre GCC 10.2.x a staršie bola ukončená
Bolo odstránených niekoľko zastaraných alebo prebytočných modulov

Vyžadovaná akcia

Používateľom sa odporúča presunúť svoje pracovné postupy na nový softvérový stack čo najskôr.

Prístup k legacy softvérovému stacku¶

Predchádzajúci softvérový stack je stále dostupný z dôvodov kompatibility.

Devana poskytuje nástroj pre príkazový riadok ssx (Software Stack eXchange), ktorý umožňuje používateľom prepínať medzi starým a novým softvérovým prostredím.

Príklad použitia:

ssx

Podpora legacy softvéru

Ak potrebujete moduly zo staršieho stacku (napríklad na dokončenie výpočtov pre práve prebiehajúcu publikáciu), kontaktujte HPC support tím. Budeme pomáhať, kde to bude možné.

Používanie softvérových modulov¶

Pre efektívne spravovanie softvéru Devana používa systém Environment Modules. To umožňuje používateľom dynamicky meniť svoje prostredie načítavaním a odstraňovaním softvérových modulov bez menenia systémových nastavení.

Základné príkazy modulov¶

Na zoznam všetkých dostupných modulov:

module avail

Na načítanie konkrétneho modulu:

module load <module_name>

Na skontrolovanie, ktoré moduly sú momentálne načítané:

module list

Na odloženie modulu:

module unload <module_name>

Na odstránenie všetkých momentálne načítaných modulov a obnovenie prostredia:

module purge

Tip

Ak si nie ste istí, ktorý modul načítať, použite module spider <software_name> na vyhľadávanie všetkých dostupných verzií.

Viac informácií nájdete v návode Environment Modules.

Dostupné kategórie softvéru¶

Devana hostí pestrú zbierku softvéru pre vedecký výpočet, vrátane:

Note

Úplný zoznam dostupného softvéru si môžete prezrieť pomocou príkazu module avail. Ak hľadáte konkrétnu aplikáciu, použite module spider <software_name>.

Žiadosť o nový softvér¶

Pred odoslaním žiadosti najprv skontrolujte, či je softvér už dostupný:

module avail

Ak potrebujete na Devane nainštalovať dodatočný softvér, odošlite žiadosť HPC support tímu cez Helpdesk.

Do žiadosti vložte nasledujúce informácie:

Názov softvéru (povinné)
Webová stránka alebo zdroj (povinné)
Typ softvéru (napr. open-source, komerčný) (povinné)
Požadovaná verzia (konkrétna verzia alebo latest) (povinné)
Závislosti požadované pre váš prípad použitia
Návod na inštaláciu (povinné)
Pokyny na testovanie inštalácie
Informácie o licenčnom serveri (názov hosta a port), ak je relevantné
Preferovaný reťazec nástrojov (napr. foss/2023b)
Či má byť softvér obmedzený na konkrétnu skupinu používateľov
- Nie – inštalácia môže byť verejná
- Áno – špecifikujte skupinu používateľov

Warning

Niektorý softvér vyžaduje platnú licenciu. Pred žiadosťou o inštaláciu si overte, že máte príslušné oprávnenia.

Dobré postupy pri používaní softvéru¶

Pre efektívne využitie výpočtových zdrojov:

Používajte moduly namiesto manuálneho menenia ciest prostredia
Ak je to potrebné, načítavajte konkrétne verzie pomocou module load software/version
Používajte virtuálne prostredia ako venv alebo conda pre Python pracovné postupy
Používajte kontajnerizované prostredia ako Singularity pre reprodukovateľné softvérové prostredia

Odstraňovanie problémov a podpora¶

Ak narazíte na problémy pri používaní softvéru na Devane:

Skontrolujte závislosti modulov – niektoré aplikácie vyžadujú, aby sa najprv načítali konkrétne moduly
Prečítajte si dokumentáciu – mnohé aplikácie poskytujú zabudovanú pomoc cez --help alebo man <software_name>
Pred spustením veľkých úloh vykonajte malé testovacie výpočty

Danger

Neinštalujte si softvér manuálne do systémových adresárov. Používajte virtuálne prostredia alebo žiadajte o inštaláciu cez support tím.

Created by: Marek Štekláč, Marek Štekláč