AMS¶
Popis¶
Amsterdam Modeling Suite (AMS) je komplexný, moderný softvérový balík výpočtovej chémie, slúžiaci na modelovanie, materiálov vyvíjaný spoločnosťou Software for Chemistry & Materials (SCM). Poskytuje jednotný simulačný rámec používaný výskumníkmi v akademickom aj priemyselnom prostredí na predikciu a pochopenie vlastností molekúl, nanostruktúr a systémov v kondenzovanej fáze na úrovni atómov a vyššie.
Používateľská príručka¶
Dokumentáciu softvéru a používateľskú príručku nájdete tu.
Dostupné verzie¶
V súčasnosti je k dispozícii nasledujúca verzia balíka AMS:
- Závislosti:
- Žiadne, požadované knižnice a závislosti sa automaticky načítajú spolu s modulom
ams/2025.106.
- Žiadne, požadované knižnice a závislosti sa automaticky načítajú spolu s modulom
Modul AMS môžete načítať pomocou nasledujúceho príkazu:
module load ams/2025.106
Príklad spúšťacieho skriptu¶
Paralelizácia metód
V prípade paralelného výpočtu si v príručke overte, aká kombinácia MPI a OpenMP je dostupná pre zvolenú metódu.
Tento skript môžete skopírovať a upraviť, uložiť ako ams_run.sh a odoslať úlohu
na výpočtový uzol pomocou príkazu sbatch ams_run.sh. Informácie o tvorbe vstupného
súboru nájdete v používateľskej príručke; v tomto prípade ide o súbor h2o.inp.
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=short
#SBATCH --account=<project> # číslo projektu
#SBATCH --job-name=ams
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --output=out.log
#SBATCH --error=err.log
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --mem=132000
module load ams/2025.106
ulimit -s unlimited
# Určenie umiestnenia dočasných súborov. Predvolene sa používa SCM_TMPDIR=/work/$SLURM_JOB_ID.
# SCM_TMPDIR=/work/$SLURM_JOB_ID
ams -n $SLURM_NTASKS < h2o.inp